Llegas al 30 del mes. Abres el extracto bancario y lo comparas con lo que tienes registrado en la contabilidad de tu tienda online. Los números no cuadran. Stripe ha liquidado una cantidad que no coincide con las ventas del periodo, PayPal tiene cobros de semanas distintas agrupados en una sola transferencia y hay comisiones deducidas que nunca registraste como gasto. Bienvenido al problema más frecuente en la contabilidad de un e-commerce.
En ECOM Advisory, te explicamos qué es exactamente la conciliación bancaria en el contexto de un e-commerce, por qué las pasarelas como Stripe o PayPal lo complican especialmente, y qué proceso seguir para que tus números cuadren cada mes sin perder el control de tu contabilidad.
Qué es la conciliación bancaria y por qué es especialmente compleja en e-commerce
La conciliación bancaria es el proceso de comparar los movimientos que aparecen en el extracto de tu cuenta bancaria con los registros de tu contabilidad, para verificar que todo coincide y detectar cualquier diferencia.
En un negocio tradicional, esto suele ser relativamente sencillo: cada cobro de cliente tiene su factura correspondiente y cada pago a proveedor tiene su justificante. Las fechas pueden desfasarse unos días, pero los importes coinciden.
En un e-commerce, la situación es completamente distinta. Tu tienda vende en bruto, pero la pasarela de pago descuenta sus comisiones antes de transferirte el dinero. Cuando Stripe te liquida una transferencia, lo que llega a tu banco es el importe neto de todas las transacciones del periodo, menos las comisiones, menos las devoluciones, menos los contracargos. Ese único ingreso en tu cuenta bancaria corresponde a decenas o cientos de ventas individuales realizadas en días diferentes.
El resultado es una diferencia estructural entre lo que ves en el banco y lo que tienes registrado en la contabilidad como ventas: el banco siempre va a mostrar menos, porque la pasarela ya ha descontado sus comisiones. Si no registras correctamente esa diferencia, tu contabilidad no va a cuadrar nunca.
A eso hay que sumar los desfases temporales: Stripe y PayPal no transfieren en tiempo real. Stripe suele tener un ciclo de liquidación de 2 días hábiles, PayPal puede retener fondos varios días o incluso semanas dependiendo del historial de la cuenta. Una venta del día 28 puede no llegar a tu banco hasta el mes siguiente, generando diferencias entre periodos que hay que saber gestionar.
Los problemas concretos que generan Stripe y PayPal en tu contabilidad
El cobro neto frente al bruto
Este es el error más habitual y el que genera más confusión. Imagina que vendes un producto a 100 euros. Stripe te cobra su tarifa estándar para tarjetas del Espacio Económico Europeo: el 1,5% más 0,25 euros por transacción. En tu banco recibes 98,25 euros, no 100.
Si registras en la contabilidad ese ingreso de 98,25 euros, estás cometiendo un error doble: estás infravalorando tus ingresos (que son 100 euros) y no estás registrando el gasto de la comisión (1,75 euros). En la cuenta de resultados, los ingresos quedan por debajo de lo real y el gasto desaparece. A efectos del IVA, también hay consecuencias: si declaras 98,25 euros de venta cuando la venta real ha sido de 100, el IVA que repercutes a Hacienda es inferior al que corresponde.
La forma correcta de contabilizarlo es registrar la venta bruta de 100 euros como ingreso y la comisión de Stripe de 1,75 euros como gasto separado. El neto que llega al banco, 98,25 euros, debe coincidir exactamente con la diferencia entre ambos apuntes.
Los informes de liquidación no son facturas
Ni Stripe ni PayPal emiten una factura por cada transacción individual. Lo que generan son reportes de liquidación: documentos periódicos que resumen las ventas, las devoluciones, los contracargos y las comisiones del periodo. Estos reportes son los que tienes que descargar, analizar y usar como base para los registros contables.
El problema es que estos reportes están en inglés, tienen formatos propios (CSV, Excel, PDF) y agrupan transacciones de fechas distintas. Una asesoría generalista que no esté habituada al e-commerce puede ignorar estos documentos porque no los reconoce como justificantes válidos, o puede registrar el total liquidado como un único ingreso sin desglosar las comisiones.
Los desfases temporales y las diferencias entre periodos
Si una venta del 30 de diciembre se liquida en el banco el 3 de enero, ¿en qué periodo fiscal va esa venta? Fiscalmente, el criterio en España es el devengo: la venta se produce cuando se realiza, independientemente de cuándo llegue el dinero. Eso significa que la venta del 30 de diciembre debe estar en la contabilidad y en el IVA del cuarto trimestre, aunque el cobro llegue en enero.
Si no gestionas correctamente estos desfases temporales, acabas declarando menos IVA del que corresponde en el trimestre que cierra y más en el siguiente. En una inspección, esas discrepancias entre lo declarado y lo que reportan las plataformas pueden generar requerimientos.
Las devoluciones y los contracargos
Una devolución en Shopify genera un reembolso a través de Stripe que Stripe descuenta de la siguiente liquidación. Si no lo registras, tus ventas quedan infladas. Un contracargo (cuando un cliente disputa un pago con su banco) genera un descuento adicional más una comisión de disputa. Si tampoco lo registras, las diferencias se acumulan y al final del mes los números no cuadran por un montón de razones distintas, difíciles de aislar.
Cómo hacer bien la conciliación bancaria en una tienda online
El proceso tiene que seguir un método claro. Aquí tienes los pasos que seguimos en ECOM Advisory con nuestros clientes de e-commerce:
Paso 1: Descargar los reportes de cada pasarela
Cada mes, descarga el reporte de liquidación de Stripe, el de PayPal y el de cualquier otra pasarela que uses. Estos reportes incluyen el desglose de ventas brutas, devoluciones, comisiones y el importe neto transferido. En Stripe puedes exportarlos desde el apartado Balances del Dashboard. En PayPal desde la sección Informes de actividad.
Guarda estos reportes. Son tus documentos fuente para la contabilidad de ese mes.
Paso 2: Verificar el extracto bancario
Descarga el extracto de tu cuenta bancaria del mismo periodo. Cada transferencia de Stripe o PayPal que aparezca en el banco debe tener su correspondiente reporte de liquidación.
Si Stripe te ha hecho tres transferencias en el mes, debes tener tres periodos de liquidación distintos con sus reportes.
Paso 3: Registrar ventas brutas y comisiones por separado
Para cada periodo de liquidación de cada pasarela, registra en la contabilidad:
- Los ingresos brutos (suma de todas las ventas del periodo, sin descontar comisiones ni devoluciones).
- Las devoluciones (como menor ingreso o como gasto, según el criterio contable).
- Las comisiones de la pasarela (como gasto, en una cuenta de gastos financieros o de servicios exteriores).
- El neto liquidado (que debe coincidir con la transferencia que aparece en el banco).
La siguiente tabla ilustra cómo debería verse el desglose de una liquidación mensual de Stripe:
| Concepto | Importe |
|---|---|
| Ventas brutas del periodo | 8.500,00 € |
| Devoluciones | -320,00 € |
| Comisiones Stripe | -148,75 € |
| Contracargos y comisiones de disputa | -45,00 € |
| Neto transferido al banco | 7.986,25 € |
Si el extracto bancario muestra exactamente 7.986,25 €, la conciliación de ese periodo está cerrada. Si hay diferencia, hay que investigar cuál es la causa: una retención de fondos pendiente, un reembolso no procesado o un apunte no registrado.
Paso 4: Gestionar los desfases temporales
Las ventas se registran cuando se producen, aunque el cobro llegue en el periodo siguiente. Crea una cuenta transitoria (también llamada cuenta puente o cuenta de cobros pendientes de liquidación) donde apuntar las ventas realizadas en el mes cuyo importe todavía no ha llegado al banco. Cuando llegue la transferencia en el mes siguiente, salda esa cuenta transitoria con el ingreso bancario.
Este mecanismo es el que permite que la contabilidad refleje la realidad del negocio en el momento en que se produce, y no en el momento en que el dinero llega al banco.
Paso 5: Conciliar regularmente, no a final de trimestre
La conciliación bancaria mensual es el mínimo recomendable en un e-commerce con actividad regular. Hacerla a final de trimestre, justo antes de presentar los modelos, multiplica los problemas: hay más movimientos que revisar, más errores acumulados y menos tiempo para resolver las diferencias.
En tiendas con alto volumen de transacciones, la conciliación semanal o incluso diaria es lo que permite detectar discrepancias en el momento en que se producen, cuando son fáciles de investigar y corregir.
Qué diferencia hace una asesoría especializada en e-commerce
Una asesoría generalista puede llevar perfectamente la contabilidad de un autónomo que presta servicios: emite facturas, las registra, cuadra con el banco. Pero cuando el modelo de negocio es un e-commerce con Shopify, Stripe, PayPal y quizá Amazon, las herramientas y el conocimiento que se necesitan son diferentes.
En ECOM Advisory, asesoría contable para e-commerce, no gestionamos pymes generalistas ni autónomos de cualquier sector: estamos especializados en e-commerce porque entender en detalle cómo funciona cada plataforma, cada pasarela y cada modelo de venta digital es lo que nos permite asesorarte con precisión real.
Si llevas tiempo con los números sin cuadrar a final de mes, si tu actual asesor no entiende los reportes de Stripe, o si simplemente quieres tener la contabilidad en orden antes de la próxima declaración trimestral, el primer paso es revisar cómo está tu situación ahora.
Solicita tu diagnóstico fiscal y financiero y te contamos exactamente qué está fallando y cómo corregirlo.
asesoría autónomo comercio electrónico contable e-commerce facturación fiscal IVA rentabilidad
Preguntas frecuentes sobre conciliación bancaria en e-commerce
Porque Stripe descuenta sus comisiones, las devoluciones y los contracargos antes de transferirte el neto. Lo que llega a tu banco es el importe bruto de las ventas del periodo menos todos esos descuentos. Para que la contabilidad cuadre, tienes que registrar las ventas brutas como ingreso y las comisiones y devoluciones como apuntes separados.
Las comisiones de pasarelas de pago son un gasto deducible que se puede registrar como gastos financieros o como servicios exteriores. El justificante es el reporte de liquidación mensual que emite la propia pasarela. No existe una factura tradicional por cada transacción; el reporte mensual es el documento contable válido.
En España, el criterio contable y fiscal es el devengo: la venta se registra cuando se produce, independientemente de cuándo llegue el cobro. Si vendes el 28 de marzo y Stripe liquida el 2 de abril, la venta pertenece al primer trimestre (IVA de enero-marzo) aunque el cobro llegue en el segundo.
Las devoluciones deben registrarse como una minoración del ingreso bruto o como un gasto específico de devoluciones. En la conciliación, hay que asegurarse de que cada devolución procesada en Shopify o en la pasarela tiene su correspondiente apunte en la contabilidad y está reflejada en el reporte de liquidación que justifica el neto transferido.
La conciliación bancaria no es una obligación legal específica para autónomos, pero sí lo es registrar correctamente todos los ingresos y gastos. En la práctica, sin conciliación bancaria regular es imposible garantizar que la contabilidad refleja la realidad, que todas las ventas están declaradas y que todas las comisiones están registradas como gasto. En un e-commerce con múltiples pasarelas, la conciliación bancaria es la herramienta que hace posible ese registro correcto.
Para una tienda con volumen bajo de transacciones, una hoja de cálculo en Excel o Google Sheets puede ser suficiente: descargas el reporte de Stripe en CSV, lo comparas con el extracto bancario y registras las diferencias. Cuando el volumen crece, especialmente si tienes varias pasarelas o varias tiendas, la automatización con software contable que se integre directamente con las plataformas ahorra mucho tiempo y reduce el riesgo de errores.
La conciliación bancaria es lo que garantiza que las ventas que declaras en el modelo 303 coinciden con las ventas reales del trimestre. Si hay ventas sin registrar, devoluciones no contabilizadas o ventas del trimestre anterior mal asignadas, el IVA declarado puede no ser correcto. Las plataformas como Amazon y Shopify reportan datos de ventas directamente a la AEAT mediante la directiva DAC7, por lo que cualquier discrepancia entre lo que declaras y lo que reportan las plataformas puede generar un requerimiento.
